El aeropuerto de Sonderborg se encuentra a 6 km del centro de la ciudad. El aeropuerto solo ofrece vuelos nacionales a Copenhague, con vuelos de temporada a la isla de Bornholm. El Enterprise Rent-A-Car está disponible en Sonderborg, en Ringgade, un cinturón que rodea la ciudad. Hay conexiones regulares de autobús entre el aeropuerto y el centro de la ciudad.